الرئاسة العامة لهيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر جهاز مستقل ، يرتبط مباشرة برئيس مجلس الوزراء ، وتتبعه جميع هيئات الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر في المملكة. والرئيس العام يكون بمرتبة وزير، وهو المرجع النهائي لهذه الهيئات ، وله ما للوزير من صلاحيات في وزارته، ويكون مشرفاً على جميع أعمال ومهمات الهيئات في جميع مناطق المملكة.